中国科学院高等教育发挥院属高校与研究所深度融合的优势，协同创新，面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康，培养具有国际竞争力的高层次创新创业人才，支撑中国科学院率先建成“国家创新人才高地”，为国家和中国科学院的未来发展服务。新中国成立之初，中国科学院聚集了一批国内最优秀的高层次科研人才，主动承担起为国家培养高层次人才的重任。1951年6月，中国科学院与教育部联合发布《1951年暑期招收研究实习员、研究生办法》，成为新中国开始研究生培养的标志。通过招收培养研究实习员以及借鉴苏联科学干部培养机制，中国科学院开始主动探索创建我国的研究生教育制度。1955年8月，经国务院第17次全体会议审议通过，颁布实施了《中国科学院研究生暂行条例》，标志着中国科学院研究生教育制度的正式建立。中国科学院先后培养了新中国第一位理学博士、第一位工学博士、第一位女博士、第一位双学位博士，并建立了由国务院批准的新中国第一个研究生院。进入新时期，中国科学院发挥集科研院所、学部、教育机构于一体的整体优势，坚持科教融合，科研与教育并举，出成果与出人才并重，在高水平的科技创新实践中培养造就高层次创新创业人才。中国科学院已建立起以院属高校为核心，以研究所为基础、以研究生培养为主体、与科技创新紧密结合的教育体系。中国科学技术大学（简称“中国科大”）于1958年由中国科学院创建于北京，1970年学校迁至安徽省合肥市。中国科大坚持“全院办校、所系结合”的办学方针，是一所以前沿科学和高新技术为主、兼有特色管理与人文学科的研究型大学。中国科学院大学（简称“国科大”）始建于1978年，其前身为中国科学院研究生院，2012年经教育部批准更名为中国科学院大学。国科大实行“科教融合”的办学方针，与中国科学院直属研究机构（包括所、院、台、中心等），在管理体制、师资队伍、培养体系、科研工作等方面高度融合，是一所以研究生教育为主的独具特色的高等学校。上海科技大学（简称“上科大”），由上海市人民政府与中国科学院共同举办、共同建设，由上海市人民政府主管，2013年经教育部正式批准。上科大致力于服务国家经济社会发展战略，培养科技创新创业人才，努力建设一所小规模、高水平、国际化的研究型、创新型大学。截至2023年底，院属高校拥有博士学位授权一级学科59个、硕士学位授权一级学科64个，分布在哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、交叉学科12个学科门类；博士专业学位授权类别6个，硕士专业学位授权类别21个。全院在学研究生9.3万余名，其中博士生约占45%；在岗研究生指导教师1.6万余名。各培养单位拥有100多个重点实验室、68个国家野外观测研究站，承担30余项国家重大科技基础设施的建设与运行以及众多国家级前沿科研项目，为学生培养提供了优质的科研创新实践平台。