吴孟超培养了大批高层次专业人才，他领导的学科规模从一个“三人研究小组”发展到目前的三级甲等专科医院和肝胆外科研究所，成为国际上规模最大的肝胆疾病诊疗中心和科研基地；设立吴孟超肝胆外科医学基金，奖励为中国肝胆外科事业作出卓著贡献的杰出人才和创新性研究；培养了大批高层次专门人才。通过他和同行们的共同努力，推动了国内外肝脏外科的发展，多数肝癌外科治疗的理论和技术原创于中国，使中国在该领域的研究和诊治水平居国际领先地位。