落实干部政策和知识分子政策
    1月初，中国科学院上海分院召开大会，宣布“四人帮”及其党羽在中科院上海一些科研机构中制造的“‘两线一会’特务集团”纯属假案、冤案，对遭受迫害的同志予以彻底平反。这是“文革”后最早平反的冤假错案，在全国产生了积极反响。3月，院党组请示方毅并报邓小平，为在“文革”中因受林彪、“四人帮”及其党羽迫害去世的地球物理学家赵九章、数学家熊庆来、冶金学家叶渚沛、昆虫学家刘崇乐、理论物理学家张宗燧、真菌学家邓叔群等著名科学家落实政策，并举行了骨灰安放仪式。
　　科学院及其北京的科研单位，还严肃认真地处理了过去审干中遗留的问题1700多件，一些长期被打倒的干部在落实政策后重新走上了工作岗位。10月，科学院在京召开落实政策大会。与此同时，又选拔了一批科学技术人员，走上领导岗位。
　　参加欧洲核子研究中心的高能物理国际合作
　　1973年1月8日，科学院在二机部401所(原子能研究所)一部基础上组建高能物理所，张文裕任所长。5月中旬至7月6日，张文裕率“中国高能物理考察团”到欧洲和美国的高能物理研究机构参观、考察，了解国外发展趋势，寻求开展国际合作的机会。1976年，高能所唐孝威曾前往欧洲联合核子研究中心访问。1977年8月10日，丁肇中应高能所邀请来华参观访问，邓小平于8月17日与其会见时，提出请他帮助中国训练物理学家。
　　1978年1月，唐孝威率5名青年物理学工作者(第二批4人于同年3月到达)，到德国汉堡电子同步加速器中心，参加丁肇中领导的大型探测器实验组的工作。这是建国以来首次参加西方国家的大规模国际合作实验。
　　丁肇中领导的大型探测器实验组主要依靠当时世界上能量最大的正负电子对撞机— 佩特拉(PETRA)，开展研究工作。中国派出的10人小组，与实验组同行一起，参加了探测器的设计、研制、安装和调试和用探测器进行正负电子对撞实验、测试和分析数据的工作。1979年6月，这个实验组发现了胶子。
　　此后，国内又陆续选派50多人赴德工作和学习。他们回国后，为中国建造大型高能实验设备作出了贡献。
　　科学院在全国科学大会上提出“两侧重”办院方针
　　3月18日至31日，中共中央在北京召开全国科学大会。在开幕式上，邓小平发表重要讲话，阐述了两个重要观点：科学技术是生产力，科技工作者是工人阶级的一部分。华国锋作《提高整个中华民族的科学文化水平》的报告。方毅作大会工作报告。3月30日，李昌副院长在全体会议上发言，介绍中国科学院贯彻中央关于“科学院要整顿，要把科学研究搞上去”指示的情况和经验。31日，郭沫若院长在闭幕式上发表题为“科学的春天”的讲话。
　　方毅在报告中说“中国科学院作为全国自然科学研究的综合中心，其主要任务是研究和发展自然科学的新理论新技术，配合有关部门解决国民经济建设中综合性的重大的科学技术问题，要侧重基础，侧重提高”。此后，中国科学院提出“侧重基础，侧重提高，为国民经济和国防建设服务”的办院方针。
　　全国科学大会还奖励了从1956年至1978年全国科研成果评选出的7567项科研成果。其中，中国科学院有904项，约占总数的12%。
　　召开中澳植物组织培养学术讨论会
　　5月25日至30日，中澳植物组织培养学术讨论会在北京举行。这次讨论会是根据中国科学院和澳大利亚科学院的双方协议联合举行的，有39位中国科学家和5位澳方代表出席会议，还有朝鲜、罗马尼亚、英国、法国、联邦德国、加拿大、日本、芬兰的11名科学家应邀参加。会议宣读了47篇论文，组织了3次专题讨论会。这是“文革”后中国首次举办国际学术会议。
　　植物组织培养是20世纪初出现的一种植物学新技术，在植物育种等方面有应用前景。中国在植物组织培养方面的研究，由于各地科研单位、大专院校协作攻关，同时派出专业人员到农村进行技术辅导，使得这项技术得以广泛应用，先后培育出一批花卉、经济作物、树木及海藻等植物，在甘蔗种苗、无病毒马铃薯植株培养、花药培养和单倍体育种技术等方面取得了进展，在国际上有一定的影响。但在所涉及的生物化学、细胞学、遗传学等基础理论方面还比较薄弱，通过这次国际会议的交流，中国科学家更加明确了赶超方向。
　　开展与欧洲国家的科技合作
　　9月至10月间，中国科学院先后与德意志联邦共和国马克斯·普朗克科学促进学会、南斯拉夫社会主义联邦共和国科学艺术院委员会、瑞典皇家工程科学院、英国皇家学会、法国国家科研中心签订科学合作协议，大幅度地扩大了与欧洲科研机构之间的科技合作规模。
　　中国科学院与马普学会从1974年起建立科技合作关系。1976年至1979年，通过与马普学会的合作协议、洪堡基金会和科学院自筹经费等途径，科学院先后向联邦德国派遣了150位访问学者和研究生。这一系列科技合作，推动了科研事业的发展，也促进了中国对外关系的发展。到1985年，科学院同约50个国家和地区的科学院、科研机构、大学和有关国际组织签订约70个协议、备忘录和纪要等。合作与交流的形式，由一般的考察发展到进行长期合作研究，联合办实验室，进行新技术、新产品、新设备的开发以及联合在中国举办国际会议和培训班等。
　　开展白鳍豚研究
　　生活在长江中游的白鳍豚是与大熊猫、金丝猴齐名的中国独有的珍稀保护动物。7月14日，南京师范学院致函科学院一局(主管生物学方面的研究)，建议开展白鳍豚研究。科学院一局随即与湖北省水生生物所(当年收回科学院，改名中国科学院水生生物所)、生物物理所、声学所联系，并于9月17日至17日在北京召开由四单位参加的“白鳍豚座谈会”。座谈会交流了有关白鳍豚研究的情况，决定成立白鳍豚研究协作组，以水生生物所为负责单位。11月13日，制订出《白鳍豚研究规划(1979-1985年)》。
　　1980年1月20日，湖南省岳阳县城陵矶业队捕获到一头白鳍豚，随即送往水生生物所饲养。这是世界上第一次捕捉到的活体白鳍豚，引起了国内外有关部门学者的关注。在命名为“淇淇”的这头白鳍豚的人工饲养过程中，水生生物所进行了多年的血液学系统研究，总结出一整套白鳍豚防病、治病和人工养殖的规范。该所在1978年至1983年的5年时间里，还对上起湖北宜昌，下至江苏太仓的1590公里的长江段进行了39次生态考察，初步查明了白鳍豚群体状况。声学所对白鳍豚的声纳信号进行了记录和分析，发现它在视觉退化后，用高频脉冲信号探测目标，用低频声信号互相通信。南京师范学院的白鳍豚研究也取得了一系列成果。对白鳍豚分布状况、活动规律和生活习性的研究，促进了白鳍豚的保护和繁殖。
　　建立中国蕨类植物分类新系统
　　植物所秦仁昌在《植物分类学报》第16卷(1978年)发表《中国蕨类植物科属的系统排列和历史来源》，建立起中国蕨类植物分类新系统。这一成果1989年获中国科学院自然科学奖一等奖，1993年获国家自然科学奖一等奖。
　　秦仁昌1926年在东南大学任助教时，开始研究蕨类植物。1940年，发表《水龙骨科的自然分类系统》一文，把一百多年来囊括蕨类种的90%以上、属的80%的混杂的水龙骨科分为33种249属，清晰地显示出它们之间的演化关系。该文引起了国际蕨类学界的重视和争论，推动了科属概念长期得不到澄清的蕨类植物分类系统研究在世界范围内的发展。他的研究成果后来为许多学者所采用。
　　1954年，他发表《中国蕨类植物科属名词及分类系统》，建立起第一个中国蕨类植物分类系统，并为中国各地标本室采用，1959年出版的《中国植物志》第二卷也采用他提出的分类系统。之后，他与他的学生一起，不断充实资料和标本，对中国丰富的蕨类植物各类群都进行了分类学研究，终于建立起完整的中国蕨类植物分类系统。这一系统集中体现在1978年发表的上述文章，在这篇文章中，他对当时世界蕨类植物分类学中存在的问题进行了评论，将中国蕨类植物分为5个亚门、63科、223属，其中23科是他本人或由别人代为发表的新科。
　　现代蕨类植物分类系统有很多个，秦仁昌系统既具有地方性，又具有世界性，是更为接近自然的分类系统。除被中国所有标本室采用外，这一系统在国际上(特别是亚洲)得到学术界较多的采用，推动了国际蕨类系统研究的开展。1988年，国际蕨类学会主席亨尼普曼在纪念秦仁昌诞辰90周年大会上称秦仁昌不仅是中国蕨类学之父，也是世界蕨类学之父。
　　《中国科学》和《科学通报》改版
　　1950年创刊的《中国科学》、《科学通报》，在“文革”前十七年中对中国科技工作的重大成果作了及时报道，促进了国内、国际学术交流。“文革”开始后，两刊被迫停刊，直到1973年才复刊。在当时政治的背景下，复刊后的《中国科学》、《科学通报》不得不刊登“朝农经验”、“评法批儒”和“反击右倾翻案风”等政治性文章，甚至把这些内容译成外文塞进外文版，在国内外造成了恶劣影响。1977年6月，中国科学院院务会议决定对《中国科学》、《科学通报》进行整顿。1978年初，科学院召开期刊工作座谈会，确定《中国科学》发表基础科学以及农业、医学、技术科学方面，具有创造性的、代表中国科学水平的重大科研成果的学术论文，《科学通报》以简报形式扼要介绍科研成果和阶段性工作报告，要充分发挥“快”的特点，把研究成果及时报道出来。
　　11月27日，新组建的两刊编委会在北京召开第一次全体会议。两刊编辑委员共106位，正、副主编十二人，由严济慈任主编。副主编按学科分工，会同各专业的编委进行审稿、定稿工作。1979年起，《中国科学》中、外文版由双月刊改为月刊，《科学通报》由月刊改为半月刊，两刊总篇幅增加60%。
　　与此同时，科学院还恢复出版了一大批学术期刊。
　　院属机构的恢复与扩展
　　方毅在全国科学大会上的报告中，提出“中国科学院、国务院各部门和重点高等院校，要集中力量，恢复、加强和新建一批急需的基础科学和新兴科学技术的研究机构”。在中央和各地方、各部门的支持下，中国科学院进行了较大规模的收回和新建科研机构工作。一是将“文革”中科学院下放给地方和产业部门，实行双重领导以地方为主或完全下放的科研机构收回，改为院直接领导或双重领导以院为主。二是新建少量急需的基础科学和新兴技术的研究机构。此外，接收黑龙江工学院、浙江大学、成都工学院3所大学，并将黑龙江工学院更名为哈尔滨科学技术大学，成都工学院更名为成都科学技术大学。到1978年底，院属科研机构从1977年65个增加到110个，院属工厂由6个增加到9个，大学从1所增加到4所。还成立上海、成都、新疆、兰州、合肥、广州、沈阳、长春、武汉、南京、西安、昆明等12个分院。全院固定职工人数从1977年5.4万人增加到近8万人。
　　由于事业规模发展过快，管理上显得混乱，人员组成也不够合理。1979年5月，对于近40个要求回科学院的科研机构，科学院采取了慎重态度，有选择地予以接收和重组。从1981年起，浙江大学、成都科技大学、哈尔滨科技大学，不再属院领导。
　　选拔优秀人才出国进修和留学
　　全国科学大会重申了学习外国先进科学技术、扩大派遣留学人员的方针。4月26日，科学院发出《关于选派科技进修生的通知》。7月14日，又发出《关于从今年招收的研究生中选拔二百至三百人出国留学的通知》。院各单位择优选拔，认真做好政治审查、业务学习、外语训练等出国准备工作。1978年9月至1982年底，共派出访问学者、研究生2454人，其中通过教育部派出的392人，院直接派出的2062人。
　　选拔优秀人才出国进修和留学，对培养高级科技人才，促进某些重点研究领域和新兴学科的发展和国际间的学术交流等，发挥了积极作用。
　　启动大中型实验装置的研制工程
　　为加速实现实验手段现代化，中国科学院提出在1978年至1985年间，建立一批现代化的实验基地、测试计算中心和实验室。1978年，国家加大了对科学院研制大中型实验装置的支持力度。到1978年底，国家计委批准科学院建设的大中型项目有14个，共计建筑面积达200多万平方米，投资10多亿元。另有在建项目110个，面积113万平方米。
　　4000亿电子伏特加速器是高能物理研究所负责建设的一项任务，计划投资3亿元，用五年时间，先建造一台300亿电子伏特左右的加速器。这台加速器是下一个更大的加速器的注入器。将再用五年时间建成约4000亿电子伏特的加速器，从而使中国拥有世界一流的高能加速器。大型受控热核反应试验装置方面，国家计委批准安徽光机所受控试验站建立“八号装置”(托卡马克)，缩短与国际水平的差距。同时，积极进行激光核聚变等多途径的探索研究，为开辟新能源创造条件。重离子加速器是兰州近代物理所负责建设的重点项目，计划用八年时间建成一台能加速从氢到铀全部元素的加速器。陕西天文台长波授时工程、2.16米望远镜和天文卫星等，千万次向量计算机(757工程)等大中型实验装置和设备的建设，在1978年都投入了较大的人力、物力和财力。
　　此外，国家核定中国科学院1978年年度科学事业费为3.67亿元，比1977年增长了三分之一，核定的基建投资为1.09亿元，是1977年的近三倍，还核定给科学院的外汇额是6500万美元(实际成交2100万美元)。1979年，国家实施经济调整政策，科学院相应地对大中型实验装置的研制计划作出调整，分别视情况予以改建、缓建或停建。