由来自中国、美国、荷兰、意大利、以色列等14个国家的300多位科学家组成的“番茄基因组研究国际协作组”历经8年多的艰苦努力，完成了对栽培番茄全基因组的精细序列分析。在解码的番茄基因组中共鉴定出约3万5千个基因，其中97%以上的基因已经精确定位到染色体上。进化分析表明，番茄基因组经历的两次三倍化使基因家族产生了特异控制果实发育及营养品质的新成员。协作组同时绘制了栽培番茄祖先种野生醋栗番茄基因组的框架图，为在育种中进一步利用野生资源的优异基因提供了有力的工具。

5月31日，由中国科学院遗传发育所和中国农业科学院蔬菜所联合举办的番茄基因组研究成果新闻发布会在京举行，宣布了这项以封面文章形式发表在《自然》杂志上的重大成果。

中科院遗传发育所李传友研究员和薛勇彪研究员作为中方协调人，负责第3号染色体测序工作。中国农业科学院蔬菜花卉研究所黄三文研究员和杜永臣研究员作为中方协调人，负责第11号染色体测序工作。中国科学家参与两条染色体测序工作的科研单位共计20个、科研单元60余个、科研人员百余位，中国科学家通过协作高质量完成番茄基因组测序总任务的1/6，为世界番茄基因组研究做出了重要贡献，同时也标志着我国成为番茄基因组学研究的强国之一。

中国农业科学院院长、农业部副部长李家洋院士为中国科学院院遗传发育所、中国农业科学院蔬菜花卉所发来贺信，称赞该项成果的取得是国内不同科研单位之间协同创新的典型案例之一，并希望继续通力合作，面向世界农业科技前沿、面向未来农业产业发展，真正做到“顶天立地”。

中国科学院副院长张亚平院士发来贺信，高度赞扬了我国科学家在番茄基因组研究领域取得的成绩，并希望再接再厉，继续加强番茄等蔬菜作物分子设计育种研究，培育一批拥有自主知识产权的优良品种，为支撑我国蔬菜产业的可持续发展做出重要贡献。

番茄是研究果实发育的经典模式植物，其基因组有12条染色体，约9亿个碱基对。协作组历经8年艰苦努力，获得了高质量的番茄基因组序列，并在解码的番茄基因组中共鉴定出约34,727个基因，其中97.4% (33,840个)的基因已经精确定位到染色体上。协作组同时绘制了栽培番茄祖先种野生醋栗番茄基因组的框架图，比较分析发现了番茄果实进化的基因组学基础：经过人工驯化和育种选择，栽培番茄比野生番茄果实更大，品质更好，番茄红素、β-胡萝卜素和维生素C等生物活性物质含量明显提高。

番茄基因组的解读是科学家通过国际合作完成的高质量模式植物基因组序列分析，对于不同物种之间比较基因组学研究具有重要价值，是继拟南芥、水稻之后又一个将基因序列、染色体定位和重要性状相对应起来的重要研究成果。这项工作将极大推动番茄乃至包括马铃薯、辣椒、茄子等在内的茄科植物的功能基因组研究，“番茄基因组首次解读为培育具有高产、营养、抗病、风味和色彩等优良性状的番茄和其它作物新品种打下了良好的基础”（ScienceDaily评述），对推动全世界的番茄生产具有重要意义。

我国蔬菜种业面临着强大的国际竞争，在进一步巩固蔬菜基因组研究优势的基础上，把基础研究与应用研究有机结合，将基础研究的优势转化为产业的优势是蔬菜种业发展的必由之路。加强分子设计育种体系的建设，并与常规育种相结合，加速有自主知识产权的优良品种的培育，对于支撑我国蔬菜产业可持续发展、提升我国蔬菜种业的国际竞争力具有重要意义。

5月31日《自然》杂志封面