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武汉大学药学院教授刘天罡等组建的联合团队创新性开发了纳米孔靶向测序检测方法(NTS),能大幅提升新冠病毒阳性检出率,实现一天同时检测新冠病毒和其他10大类、40种常见呼吸道病毒并监测病毒突变。3月7日,该研究成果在预印本平台medRxiv发表。
既往新冠病毒诊断依赖于实时荧光定量核酸扩增检测系统(qPCR),但该方法显示出较高的假阴性率和低敏感性,阳性检出率仅为30%至50%。此外,qPCR核酸检测无法同时检测秋冬季高发、与新冠病毒症状相似的其他呼吸道病毒,给疫情防控和患者分流管理带来极大挑战。
该团队研发的纳米孔靶向测序检测方法的特点在于:它不局限于中国或美国疾病控制中心目前在qPCR方法中推荐的位点,而是将检测范围扩大到9个基因、12个位点近1万个碱基(10kb)区域,全面覆盖病毒基因组上主要基因区域。100%覆盖病毒基因组上毒力相关的重要基因,检测病毒基因组范围提升100倍,从而显著提高检测敏感性和准确性。
据刘天罡介绍,qPCR方法好比用一把狙击枪去击打样本中的病毒核酸,有一定概率击不中,而NTS不是用狙击枪,而是撒网,同时撒十几张网,这样捕获病毒核酸的概率大大增加,不仅如此,还能在捕获的同时读出序列。
此外,对于高浓度病毒样本,NTS仅需测序10分钟即可检测阳性。即使极低浓度病毒样本,也仅需测序4小时完成检测。从收到样本到出具结果,全程控制在6~10小时。该技术所需的纳米孔测序平台对实验室要求不高,其中最小测序仪MinION是便携式的,因此NTS也适合不同级别的医院使用。
相关论文信息:https://doi.org/10.1101/2020.03.04.20029538
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